Иосиф Григорьевич Пардов – молодой помещик, высокий и плотный, с лицом круглым и нежным, как у ребенка. Таким предстает главный герой на первых страницах повести. Живет он вместе с тетушкой, молодящейся «барышней» Александрой Матвеевной, в имении. Существование юного Жозефа, так называют Пардова родственники и друзья, обычно для большинства обитателей постепенно разоряющихся «дворянских гнезд»: проведать «своих любимцев» на голубятне; сходить на конный и скотный двор, посидеть у ворот с деревенскими девушками или побывать на «посиделках» в крестьянской избе, с конюхом побороться – вот, собственно, и все его дела.

Поворотным моментом в судьбе героя становится трагическая гибель тетушки. Престарелую жеманницу, до преклонных лет не утратившую веры в могущество своих женских чар, зарубила топором Арина, жена тетушкиного любовника – кучера Пармена. Из имения Жозефа увозит Екатерина Петровна Озерова, дочь местного священника, молодая вдова. И начинается новый этап в жизни героя.

Вообще сюжет в «Нежном Иосифе» выстраивается следующим образом: главному герою поневоле приходится выйти из сонного оцепенения и оказаться в самой гуще событий, которых немало в повести. До знакомства с бойкой вдовушкой Жозеф песни распевал «высоким и сладким голосом», писал под тетушкину диктовку фривольные тексты; потихоньку, «тая от сладкого страха», постигал «науку любви» в объятиях деревенской девчонки. Екатерина Петровна, движимая честолюбием, разрушает эту идиллию и вскоре после бракосочетания увозит юного супруга в Петербург. До женитьбы, до отъезда в столицу Жозеф еще имел шанс избежать катастрофы, которая стала неминуемой в тот момент, когда, подчинившись железной воле Екатерины Петровны, он объявил всем о своем намерении узаконить свои отношения с ней.

Поселившись в Петербурге, на Фурштадтской, Пардовы зажили каждый по-своему. Жозеф, равнодушный к планам супруги обосноваться в петербургском «свете», хотел только, чтобы «оставили его в покое, позволили видеться с друзьями, петь свои песни, расхаживая по еще неустроенным, с раскрытыми сундуками и запакованною мебелью комнатам». Постепенно пылкая юношеская страсть, пробужденная в нем опытной вдовушкой, сменилась равнодушием. Оставленный супругой без внимания, Иосиф Пардов оказался в кругу людей малообразованных и не отличающихся высокой нравственностью. Среди его приятелей Саша Броскин, некогда главный помощник купца, торговавшего древними иконами и «всяческой другой стариной», а теперь женатый на содержательнице притона, и молодежь: Сенька-мануфактурщик, типографщик Линде, Василий Кудрявцев. С ними со всеми Иосиф познакомился через своего пасынка Виктора, который всего тремя годами моложе отчима. С этим второстепенным персонажем связана не только сюжетная линия, представляющая «дно» петербургской жизни. Еще до отъезда из родных мест Виктор и кузина Жозефа Соня Дрейштук устроили его знакомство с таинственной личностью – красивым молодым офицером Андреем Фонвизиным, «по словам одних, негодяем, по словам других – праведником». Именно Фонвизину суждено сыграть решающую роль в судьбе Жозефа, но прежде чем он снова появится в окружении главного героя, тому предстоит пройти ряд искушений, одним из которых – искушением плотью – стал его брак с Екатериной Петровной.

Далеко не сразу Пардов, падающий все ниже и ниже и словно привыкающий к той жизни, какую он ведет в кругу приятелей и домочадцев Броскина, преодолевает и это искушение простотой. А перед тем как войти в мир возвышенных чувств, где обитает девственный красавец Андрей Фонвизин и его приближенные, Жозеф проживает еще один важный этап своего духовного взросления, возобновляя в Петербурге знакомство со староверкой Мариной. Впервые эта героиня появилась в жизни Пардова в тот момент, когда ничто еще не предвещало грядущих катастроф. Но с ней связан символический мотив «смерти и воскресения», который становится ведущим в сюжетной судьбе главного героя. Покойный муж Марины Павел, «лицом и ростом походивший на него, Иосифа Григорьевича Пардова», своего рода «двойник» Пардова. Дважды в повести повторяется эпизод, когда Марина, пораженная внезапной встречей с Жозефом, видит в нем своего покойного мужа, любовь к которому не смогла победить даже смерть. Убиенный Павел как будто воскрес в образе Иосифа, и сам Иосиф умирает духовно и воскресает, сумев, при помощи друзей, преодолеть плотские соблазны. История жизни Пардова иллюстрирует идеи, исповедуемые в повести Андреем Фонвизиным, и служит доказательством правоты молодого офицера, который в беседе с Жозефом о любви плотской и о духовной связи между людьми утверждает: «Любовь – одна! Плотски любя, вы, может быть, гораздо большее, гораздо страшнейшее отдаете. Не бойтесь терять, что возрождается; не погубя, не спасете. Любовь – одна: к Богу, к невесте, к жениху!»

Кризисы в духовной сфере сопровождаются драматическими событиями, протекающими в объективной реальности и непосредственно влияющими на судьбу главного героя. Автор повести намечает возможность построения почти детективного сюжета, в основе которого пропажа таинственных бумаг, отданных Екатерине Петровне на хранение ее любовником и доверенным лицом Иваном Павловичем Егеревым, «местным деятелем», «незаменимым устроителем всяческих обществ, чтений, кружков и т. п.». Похищенные сыном Екатерины Петровны Виктором бумаги должны были обеспечить безопасность Жозефа, которого супруга, в ожидании большого наследства, решила объявить недееспособным. Но эта детективная линия внезапно обрывается, так как вначале Виктор добровольно отдает матери бумаги, а затем и отчим его отказывается от наследства в пользу жены.

Решение «выйти из игры» и вступить на новую жизненную стезю герой принимает, когда, покинув дом после скандальной сцены, завершившейся для него новым припадком падучей болезни (первый настиг его при виде зарубленной топором тетушки), Пардов поселился вначале у Сони, а затем в доме староверов Зыковых. Там частыми становятся его встречи с Мариной, которая открывает Жозефу путь к истинной вере, укрепляет дух героя, а сама все более и более слабеет, словно жизненные силы перетекают от нее к Пардову. И настает день, когда Марина, вернувшаяся в лоно Церкви, умирает в Радуницу на могиле матери, а Жозеф, обновленный, возродившийся к новой жизни, вместе с Андреем Фонвизиным и Соней готовится к путешествию в вечный город – Рим, напутствуемый словами Фонвизина: «Бо́льшая перемена места приведет и бо́льшее обновленье для вас».